JICAは、欧州地域ではバルカン諸国、旧ソ連のウクライナ、モルドバ及びトルコを支援しています。これらの国々は欧州連合（EU）への加盟を果たし、または将来的なEUへの加盟を視野に入れて経済・社会開発に取り組んでおり、JICAは、環境改善や民間セクター開発、インフラ整備に重点を置いて支援を行っています。
また、1990年代から2000年代初頭にかけて民族紛争を経験した旧ユーゴスラビア諸国（西バルカン地域）では、多民族が共存可能な安定した社会を築く必要があるため、JICAはボスニア・ヘルツェゴビナにおいて民族共存を促進するための支援も行っています。さらに、2008年に独立を宣言したコソボに対する二国間支援も2010年に開始しました。
「ボスニア・ヘルツェゴビナ、マケドニア旧ユーゴスラビア共和国、アルバニア、モンテネグロ、コソボ」は、被兼轄国としてバルカン事務所により所管されています。
