| 1963年 | JICAの前身である海外技術協力事業団（OTCA）が2名のケニア人研修員を本邦に受け入れて対ケニア技術協力を開始（ケニア独立の年）。 |
| 1964年 | 金属加工分野の日本人専門家を派遣（初の専門家派遣）。 |
| 1966年 | 日本・ケニア両国政府間で「青年海外協力隊派遣取極」の交換公文締結。3名（建設機械2名、電気工事1名）の協力隊員を派遣して協力隊事業を開始。 |
| 1969年 | 協力隊支援のための駐在員事務所を首都ナイロビに開設。 |
| 1971年 | 日本・ケニア両国政府間で「技術協力に関する交換公文」が締結され、これに基づきOTCAナイロビ事務所を設置。 |
| 1974年 | OTCAと海外移住事業団が統合されJICAが誕生。これに伴い、OTCAナイロビ事務所は「JICA ナイロビ事務所」（のちに「JICA ケニア」）に名称を変更。 |
| 1987年 | 外務省からの業務委譲の拡大に伴い、ウガンダ、セイシェル、ソマリアの3か国が兼轄国となる。（その後、ルワンダ、ブルンジも兼轄国となり、東部アフリカ地域の拠点事務所となる。） |
| 1999年 | 日本・ウガンダ両国政府間で「青年海外協力隊派遣取極」の交換公文締結。 |
| 2000年 | ウガンダに青年海外協力隊調整員を派遣。（2001年4月に協力隊調整員事務所を首都カンパラに開設。） |
| 2001年 | 7月にウガンダに初の協力隊員1名（看護師隊員）を派遣。 |
| 2002年 | 8月に新たにエリトリアが兼轄国となる。（ソマリアはエティオピア事務所の兼轄国に。） |
| 2003年 | 10月にJICAは事業団から独立行政法人国際協力機構に移行。 |
| 11月にケニアに初のシニア海外ボランティア2名を派遣。 | |
| 2004年 | 3月にエリトリアに長期専門家派遣再開。 |
| 4月にケニアとの間で技術協力協定締結。 | |
| 10月に東南部アフリカ地域支援事務所開設。 | |
| 10月にルワンダに長期専門家派遣再開。 | |
| 2005年 | 1月に日本・ルワンダ両国政府間で「青年海外協力隊派遣取極」の交換公文締結。 |
| 3月にJICA-NET室完成 | |
| 3月にウガンダ駐在員事務所設置に伴い、ウガンダ兼轄解除。 | |
| 8月にルワンダ駐在員事務所開設。 | |
| 8月にエリトリアとの間で技術協力協定締結。 12月にルワンダへの青年海外協力隊派遣を再開。 |
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| 2006年 | 11月ブルンジフィールドオフィス開設。 12月ケニア青年海外協力隊派遣40周年式典開催。 |
| 2007年 | 1月に本部が組織規定を改定（スーダンがケニアの兼轄国となる） |
| 2008年 | 10月に旧国際協力銀行（JBIC）と統合、海外経済協力業務（円借款）を承継。 |
| 2009年 | 4月スーダン兼轄解除 10月アフリカ地域支援事務所と統合し、ケニア事務所が広域的な案件形成及び事業監理等の業務を承継。 |
