El Salvador, situado en la parte central de la región Centroamericana, tiene una extensión geográfica de 21,000 Km² aproximadamente, siendo la menor extensión entre los países centroamericanos; empero, su población de 5,740,000 (cifra estadística del año 2007) se gana el segundo lugar, seguido de Guatemala, por ser el país con mayor población en la región; al igual que Japón, cuenta con numerosos volcanes y han habido muchos terremotos debido a su ubicación, formando parte de la zona sísmica del Anillo de Fuego del Pacífico.
El Salvador experimentó un conflicto armado durante un lapso de 12 años, de 1980 a 1992, observándose una notable disparidad regional propiciada como resultado de ese conflicto; actualmente se encuentra encarando la pobreza como el problema de mayor importancia, especialmente en la región oriental, en donde las cicatrices dejadas por dicho conflicto son más grandes y ha retrasado su desarrollo.
En 1968, JICA inició el envío de jóvenes voluntarios Japoneses a El Salvador (siendo el primer país en la América Central y del Sur); y aunque en un tiempo se experimentó una interrupción obligada que duró 14 años a causa del conflicto armado; JICA ha venido desarrollando actividades centralizadas en la cooperación técnica, mediante el envío de expertos y voluntarios, así como la recepción de becarios salvadoreños para capacitarse en Japón, y así poder contribuir al desarrollo económico y social de El Salvador; e igualmente, a la paz y estabilidad de la región centroamericana.
La asistencia de Japón hacia El Salvador tiene características importantes en su implementación, tales como: el enfoque de la inversión a la cooperación para el desarrollo de la región oriental, incluyendo al Puerto de La Unión [implementado por el sistema de cooperación financiera reembolsable (préstamo otorgado en Yenes -moneda japonesa-)] del cual, se espera que se convierta en una nueva potencia de tracción económica, no solamente para El Salvador, sino para la región centroamericana; igualmente, bajo los lineamientos de la Asociación para una Tierra Fresca, la priorización de una cooperación dirigida hacia los temas vinculados con el medio ambiente, por ejemplo: el recurso del agua y el manejo integral de desechos sólidos. Además de ello, se está implementando la cooperación para beneficiar al área inter-regional en temas comunes, como son: salud, medicina y desastres naturales, ya que la oficina del Sistema de Integración Centroamericana (SICA) está establecida en El Salvador.
La “Nueva JICA”, que nació en octubre de 2008, a través de la integración de dos instituciones -JICA y JBIC(Japan Bank of International Cooperation)-, se ha convertido en una organización que posee simultáneamente tres modalidades de asistencia que son: Cooperación Técnica, Cooperación Financiera Reembolsable y Cooperación Financiera No Reembolsable. La oficina de JICA El Salvador, bajo su nueva visión “Desarrollo dinámico para beneficio de todas las personas”, combina estructuralmente las diversas modalidades existentes, para lograr realizar una asistencia capaz de responder con mayor exactitud y rapidez, de acuerdo con la demanda del sitio.