En estos últimos años, la situación de la salud en el Paraguay ha venido presentando una leve mejoría en sus indicadores debido a la implementación progresiva de la gratuidad de los servicios de salud y el mejoramiento del acceso a los servicios de salud, a través de la habilitación de las Unidades de Salud de la Familia (USF).
No obstante, la inequidad aún persiste, especialmente en las zonas rurales donde la población no encuentra una respuesta efectiva a sus necesidades de salud.
Sobre la base de un "Estudio para el Desarrollo Rural Integral Dirigido al Pequeño Productor" (EDRIPP), y del diálogo mantenido entre el gobierno paraguayo sobre el tipo de enfoque que se debería aplicar para la implementación de proyectos de desarrollo, la JICA define sus lineamientos de asistencia al Paraguay, a través del "Enfoque en los Territorios" focalizándose en los departamentos de Caaguazú, Alto Paraná, Itapúa y Caazapá.
Hasta la fecha, la JICA ha ejecutado alrededor de 40 proyectos en el sector salud, entre cooperación técnica, cooperación financiera no reembolsable, donación de equipos y proyectos de seguimiento, en los diferentes niveles de servicios de salud. A partir del 2009, el "Programa de Mejoramiento de Salud" se ha enfocado en mejorar el acceso a los servicios de salud mediante un proyecto denominado "Proyecto de Fortalecimiento del Sistema de Atención Primaria de la Salud", con el objetivo de mejorar la calidad de atención de la salud en los niveles de atención primaria y a su vez, fortalecer las redes de servicios entre los diferentes niveles de atención dentro de una región sanitaria. Este Proyecto, que inició sus actividades en febrero del 2012 en el Departamento de Caaguazú, con una duración de 4 años, es considerado como eje principal del programa de salud. El Proyecto se lleva a cabo combinando los diferentes esquemas de cooperación, tales como el programa de envío de voluntarios jóvenes y sénior, formación y capacitación de profesionales de salud en Japón y terceros países, proyectos de cooperación financiera no reembolsable para proyectos comunitarios, de manera a que dichas acciones realizadas en conjunto, y los resultados de las cooperaciones ejecutadas con anterioridad, contribuyan al mejoramiento de la calidad de atención del servicio de salud en la zonas o departamentos seleccionados para el proyecto.
Asimismo, en el marco del Programa de la Salud se analiza la inclusión de temáticas relacionadas a la discapacidad a fin de estructurar un programa con una atención integral a las necesidades de salud de la población. Son dos los proyectos ejecutados en el marco del Programa de Asistencia a la Discapacidad: "Proyecto de Fortalecimiento de Servicios de Atención Temprana (SAT) Departamental de la República del Paraguay – Ñangareko ñepyru" (Julio 2009- Diciembre 2012) con el Gobierno de Chile, JICA, Ministerio de Educación y Cultura y el Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social (MSPyBS) en un marco de Cooperación Japan Chile Partnership Program y el "Proyecto de Reducción del Retardo Mental" (Agosto 2008 – Setiembre 2011) con el Programa de Prevención de la Fibrosis Quística y Retardo Mental del MSPyBS.
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