Didirikan pada 8 Mei 2003, JICA-NGO Desk adalah suatu unit dari JICA Indonesia yang bertanggungjawab untuk menciptakan dan membina hubungan dengan Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM), Organisasi Non-Pemerintah (ORNOP), dan organisasi nirlaba Jepang dan Indonesia serta memfasilitasi interaksi dan kerjasama di antara lembaga-lembaga tersebut.
LSM, ORNOP, dan organisasi nirlaba sesungguhnya adalah ujung tombak terlaksananya berbagai upaya atau inisiatif pemberdayaan ekonomi dan sosial yang ditujukan untuk peningkatan standar kehidupan masyarakat marjinal. Dengan mengemban misi idealis dan berinteraksi langsung dengan masyarakat di tingkat akar rumput, lembaga-lembaga tersebut selayaknya menjadi mitra kerja yang terpercaya bagi para pemangku kepentingan, baik dari pihak pemerintah maupun swasta yang terlibat dalam berbagai program pembangunan.
Peran-peran utama JICA-NGO Desk Indonesia meliputi: