エクアドルと日本の技術協力関係は1990年の青年海外協力隊派遣から始まりました。その後、当国での技術協力の事業拡大に伴い、1992年6月に技術協力協定が締結され、1994年10月に発効しましたが、当事務所が従前のボランティア事業に加え、技術協力事業を本格的に担うようになったのは、2006年11月、それまでのボランティア調整員事務所から駐在員事務所（現支所）に昇格してからでした。
当事務所では、貧困対策、環境保全、防災の3つの分野から成る協力プログラムの効率的かつ効果的実施に取り組んでいます。その際、実施済及び実施中の各協力形態（無償資金協力、技術協力プロジェクト、個別専門家派遣、ボランティア、開発調査等）の事業を有機的に連携させるとともに、他のドナーの動向も注視しつつ援助協調を図ることにより、実効性及び費用対効果の高い事業運営を目指しています。
また、既に一般無償資金による協力が卒業段階にあることから、新設された環境無償の有効活用とともに将来の有償資金協力も視野に入れた事業の展開を図ります。
