南アフリカ共和国と日本との関係は、1970年以降、主に貿易を中心として発展してきました。1994年に南アフリカが民主化へ移行してからは、従来の経済面での協力や交流に加えて、文化交流や学術的な教育研究交流も行われるようになりました。日本語学習の機運も生じ、2013年にはプレトリア大学で日本語講座が開講しました。こうした日本関心者層の広がりを受け、また、2010年に南アフリカと日本の国交樹立100周年を記念して、南アフリカに進出する日本企業からの基金をもとに、アフリカ大陸唯一の日本の研究機関として、ヨハネスブルグにあるプレトリア大学ビジネススクール（GIBS：Gordon Institute of Business Science）内に日本研究センターが設立されました。2015年には、日本とのビジネス・文化関係に加え、南アフリカの抱える開発課題研究に貢献するセンターとしての機能強化を目的に、拠点をGIBSからプレトリア市内のメインキャンパスへ移動しました。
