JICAは、2004年12月にナミビア政府との間で青年海外協力隊（現JICA海外協力隊）派遣のための交換公文を締結し、2006年3月にJICAナミビア支所を開設しました。（開設当時、JICAナミビア調整員事務所）同年、初代となる4名の青年海外協力隊員が派遣され、ナミビアへのJICA海外協力隊派遣が開始されました。

その後、JICA海外協力隊はナミビア各地の地域社会と共に活動し、教育、職業訓練、農業、環境、地域開発など幅広い分野で人材育成と技術移転に取り組んできました。特に理数科教育やコンピューター教育、特別支援教育、職業訓練などの分野では、多くの隊員が学校や訓練機関で活動し、ナミビアの人材育成に貢献しています。

2026年、JICAナミビア支所は開設20周年を迎え、累計177名（2026年7月時点）のJICA海外協力隊員がナミビアに派遣され、隊員は現地コミュニティに住みながら、ナミビアの人々と共に課題解決に取り組んでいます。JICA海外協力隊は、技術協力のみならず、日本とナミビアの相互理解と友好関係の促進にも重要な役割を果たしています。